По идее, это потому, что в дистилляте, кроме этилового спирта, присутствуют еще и другие, изопропиловый, изоамиловый, изобутиловый, которые сами по себе в чистом виде. к употреблению не пригодны, очень ядовиты, это сивушные масла, но в небольших количествах, по некоторым теориям, способствуют более щадящему действию спирта этилового. В ректификате, этих примесей нет. Это должно быть основной причиной. может единственной. Потому что, вообще, по чистоте, ректификация дает в любом случае, более чистый продукт, чем дистилляция, при прочих, равных условиях.
Этим и объясняют принятые стандарты некоторых напитков, например, виски, по которым наряду с максимальным содержанием примесей, указаны и минимальные. Да и хороший самогон, по наблюдениям многих, переносится часто организмом лучше, чем магазинная водка.